Για την επεξεργασία υγρών αποβλήτων μπορούν να χρησιμοποιηθούν φυσικά συστήματα επεξεργασίας. Σε αυτά τα συστήματα λαμβάνουν χώρα φυσικές, χημικές και βιολογικές διεργασίες όπως αυτές πραγματοποιούνται στο φυσικό περιβάλλον. Αποτελούνται από λίμνες σταθεροποίησης ή οξείδωσης και από τεχνητούς υγροβιότοπους. Στα πλεονεκτήματα των συστημάτων αυτών εντάσσονται: η παραγωγή μηδαμινών ποσοτήτων παραπροϊόντων, η ελάχιστη χρήση μηχανικών μερών και το χαμηλό κόστος κατασκευής.